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清末连横著，考论台湾语源流古义，提倡乡土文学，保存民族文化。
辑录明清闽台海防奏疏及南明海上文献，为研究早期台湾史之重要史料汇编。
1914年赴台调查报告，述荷兰至清代土地制度沿革及日据时期调查方法，附闽省清丈建议。
清代官方档案，汇录中美涉台外交照会，为晚清台湾对外关系之原始史料。
清初档案汇编，录顺治间军事招抚、粮饷诸事，为南明及台湾史研究之原始史料。
选录《清圣祖实录》中涉台谕奏，记清初征抚郑氏、迁界设防等事，史料原始。
清代档案汇编，辑录同光年间台湾海防、船政及对外交涉原始文献，史料价值高。
清同治间外国领事调查报告，记台湾番社风土物产及对外交涉，为早期台湾涉外史料。
汇编台湾传统民事人事规范，分六章述丧仪、亲族、婚姻等，为台湾法制史要籍。
汇编台湾传统债权习惯法，录契约、示谕等，为研究清代台湾民事经济之要籍。
汇编清代台湾商事习惯法，录厘税、郊商、官办等原始文献，为台湾商业史要籍。
汇编清代台湾物权制度与土地开垦文献，为研究台湾私法物权之重要史料。
选录清仁宗实录中涉台谕旨奏议，反映嘉庆朝对台统治及东南海防实况。
选录清宣宗实录中涉台史料，反映道光朝对台统治、海防及社会实况。
辑录清德宗实录中涉台谕旨奏议，反映同治末至光绪朝台湾海防、开山抚番及割台史实。
选录清文宗实录中涉台史料，反映咸丰朝对台海防、涉外及社会治理实况。
选录清穆宗实录中涉台谕旨军务，反映同治朝台湾兵勇调遣与海防实况。
选录清代经世文编中涉台文献，反映台湾治理、海防及社会经济诸策论。
选录清高宗实录中涉台谕旨奏议，反映乾隆朝对台海防、番务及赋税治理实况。
连横撰台湾通史，自隋至清割台，叙千余年史事，彰民族精神，为台湾第一部通史。
编年体记载明末台湾及闽浙海防、海寇、郑氏兴衰等史事，史料翔实。
辑录清光绪朝中法战争涉台原始档案，反映台湾海防及外交交涉实况。
选录清代淡水新竹行政档案，反映台湾基层官治与社会运作实况。
选录清世宗实录中涉台谕旨奏议，反映雍正朝对台治理及番社归化实况。
